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無塵潔凈室按用途分類可以分為工業潔凈室、生物潔凈室。按氣流流型分類可以分為單向流潔凈室、非單向流潔凈室、輻射流潔凈室、混合流潔凈室。這里，我們按照用途分類對潔凈室進行分析。
工業潔凈室
工業潔凈室以無生命微粒為控制對象，其內部一般保持正壓。適用于精密工業（如精密軸承等）、電子工業（如大規模集成電路等）、航天工業、電子產品組裝、照相工業（如膠片制版等）、精密儀器儀表生產等行業。電子產品種類繁多，現代電子產品要求微型化、精密化、高純度、高質量和高可靠性。以人們熟悉的手機、筆記本電腦、薄膜晶體管液晶顯示器（簡稱TFT-LCD）為例，他們所使用的集成電路、電子元器件以及其組裝的生產過程都要求在受控的環境條件下進行操作，其中集成電路生產過程對環境的要求尤為嚴苛，當今線寬為45nm的超大規模集成電路產品的生產環境—潔凈室的受控粒子尺寸要求小于0.02μｍ甚至更小。各類產品的品種不同、生產工藝不同，所要求的空氣潔凈度等級也不相同。因此在進行潔凈廠房設計時，潔凈室的空氣潔凈度等級應根據生產工藝的要求來確定。潔凈室及潔凈區空氣潔凈度整數等級。TFT-LCD制造用潔凈廠房的空氣潔凈度等級、溫度、濕度。
生物潔凈室
生物潔凈室以無生命懸浮微粒和微生物為主要控制對象，生物潔凈室又可分為一般生物潔凈室和生物安全學潔凈室。一般生物潔凈室主要用于大部分藥品和生物制品生產、部分食品、化妝品、保健品工業、醫療設施（如醫院潔凈手術部）等，內部通常保持正壓。生物學安全潔凈室主要用于有生物學安全要求的實驗室或部分藥品和生物制品（如重組基因、疫苗制備等）的生產，內部通常保持負壓。
